长江江豚是长江现存唯一的鲸豚类动物，国家一级重点保护野生动物。作为长江的濒危旗舰物种，长江江豚的种群状况是反映长江生态系统健康的“显示器”。保护江豚就是保护长江生态系统，“长江生态环境好不好，江豚说了算”“禁渔效果好不好，江豚说了算”！
长江全流域江豚科学考察由水生所自2006年组织发起，后在农业农村部长江流域渔政监督管理办公室领导下，于2012年、2017年和2022年先后实施了4次。2022年长江江豚科学考察是《长江保护法》颁布实施和长江十年禁渔后首次流域性物种系统调查，对于长江江豚乃至整个长江生态系统的保护具有重要意义。
1986年，水生所等中国科学家提出了就地保护、迁地保护与人工饲养繁育研究相结合的长江豚类保护策略构架，并以此为目标逐渐发展形成了种群生态学、生物声学、保护遗传学、生理生态学以及行为生态学等研究方向，为长江豚类的保护提供了重要的科学依据和技术支撑。目前这三大措施的保护策略构架依然是业内公认的长江江豚保护的行动指南。
在就地保护方面，水生所直接推动并参与了湖北石首天鹅洲豚类保护区、湖北洪湖新螺豚类保护区、湖北监利何王庙/湖南华容集成垸江豚保护区以及南京豚类保护区等的建设和管理工作，同时与所有保护区保持着密切的合作并为之提供直接的技术支持。在农业、林业各级部门领导下，水生所坚持定期开展长江江豚的种群数量和栖息地调查，长期坚持推动并积极呼吁长江豚类的自然栖息地保护。
在迁地保护方面，水生所早在上个世纪90年代就在世界上无任何先例可循的情况下，首创性地推动在位于湖北省石首市的天鹅洲长江故道水域建立迁地保护区，并通过人工捕捞措施将部分江豚从长江干流迁入到该故道易地实施“保种”。目前，长江江豚迁地保护区江豚种群总数量已达到150头左右，且均能自然繁殖，每年有超过15头以上江豚出生，初步建立了长江江豚“保种”种群，为长江江豚的“保种”奠定了坚实基础，创造了全球小型鲸类保护的“中国神话”和世界水生生物多样性保护的“中国经验”。
1249，是值得我们为之鼓与呼的数字。止跌回升，表明近年来长江生态环境和鱼类资源正缓缓恢复，意味着长江江豚濒危程度得到一定缓解，意味着我们的保护工作取得了阶段性胜利。然而，我们也必须清醒地认识到，长江江豚自然种群规模、基数过小，极度濒危的现状仍未改变，守护江豚还需要更多的人起而行。
2021年，在水生所的建议和推动下，武汉市启动“江豚重返武汉计划”。同年，水生所等倡导将每年6月设立为“全民爱豚月”。至今已连续组织发起两届“全民爱豚月”系列活动，让江豚科普进校园、进社区，引导更多市民了解长江江豚，支持长江江豚重返回武汉计划。
2022年，武汉市与水生所共建“武汉长江江豚繁育保种技术研究中心”，并提出“数字江豚”计划。使之作为长江大保护生态公益事业与数字科技结合的全新尝试，依托最新的数字技术，对长江江豚的栖息环境、繁育保护、科学监测、文化创意、社会参与等进行全方位数字赋能，构建与江豚保护相关的数字“生态群落”，传播江豚文化，为濒危物种保护探索数字化路径，打造数字科技助力长江大保护、助力生态文明建设的“中国样本”。
